Nei difficili momenti dell’immediato dopoguerra l’attività sportiva cittadina si era riorganizzata essenzialmente attraverso le associazioni di antica tradizione presenti in una città dalla vocazione sportiva come Siena.
E’ probabilmente per questo motivo che, se il C.U.S.I.  vede la luce nel marzo 1946, per la fondazione del C.U.S. Siena dobbiamo attendere il 1950 quando, ancora senza praticamente alcun impianto, veniva organizzata l’attività universitaria di  discipline come l’atletica leggera o la scherma  che erano già ampiamente praticate  in altre società cittadine.
Da allora è stato un costante crescendo sia per il numero  di  sport praticati  che per i lusinghieri risultati conseguiti dal punto vista organizzativo oltre che agonistico.
Gradualmente l’Università ha permesso al   C.U.S. di dotarsi di impianti  “propri”: l’attuale palestra di scherma nel 1971, il palazzetto polifunzionale nel 1979, i tre campi per tennis e calcetto di cui uno di copertura tensostatica, il campo da rugby nel 1990 e per ultimo il palazzetto del judo nel 2006.
La notevole dotazione  impiantistica ha facilitato le sezioni che oggi svolgono attività rivolte agli studenti universitari ma anche delle  scuole con nutriti settori giovanili, senza dimenticare poi l’attività dei seniores e quella per disabili; inoltre la collaborazione con l’ A.R.D.S.U.  consente di fornire una sempre più completa scelta di attività sportive e ricreative destinate esclusivamente agli studenti universitari.
In accordo con lo statuto del C.U.S.I. dal 7 marzo 2006 al C.U.S. Siena è stata conferita personalità giuridica.
Tra le numerose manifestazioni  organizzate spiccano   i Campionati Nazionali Universitari del 1991 disputati a Chianciano  Terme ed in parte a Siena ma meritano  di essere ricordati il torneo internazione  di judo giovanile Città del Palio  che è ormai un affermato appuntamento annuale  ed i Campionati Nazionali Assoluti di scherma  del 2000.

Troppo lungo sarebbe ripercorrere le tappe delle singole sezioni all’interno del C.U.S.
In questa sede basterà ricordare che oltre alle sei sezioni attualmente in attività, altre, attualmente chiuse, hanno lasciato un segno più che tangibile nella storia sportiva della città: il tennis di cui spicca una partecipazione alle Universiadi con Giulia Collodel, il basket femminile giunto fino ai della serie A2 nei primi anni ’80 e l’atletica leggera con una dignitosa attività federale svolta soprattutto negli anni ’50.
La scherma, costituitasi come sezione nel 1967 raccogliendo il testimone della gloriosa Accademia d’Armi, è senza dubbio la sezione più titolata tra quelle in attività. E’ storia  di oggi il titolo europeo di Alice Volpi  ed il bronzo ai mondiali under-17 di Lorenzo Bruttini, ultimi acuti di una scuola ormai da anni ai vertici delle classifiche nazionali con innumerevoli allori ad ogni livello.
Il judo entra stabilmente a far parte del C.U.S.  nel 1971: un nome su tutti quello di Giovanna Parenti, atleta di rango con ben 4 bronzi europei e successivamente tecnico al fianco di Bruno Nibbi, cintura bianco-rossa sesto dan, da sempre vero animatore della sezione.
La pallavolo maschile dopo i fasti della serie A a cavallo tra gli anni ’70 ed ’80 che si interruppero bruscamente a causa degli eccessivi costi di gestione è stata sostanzialmente rifondata a metà degli anni ’90 ed attualmente partecipa al campionato di serie C.
La pallavolo femminile è da considerare una sezione “storica” del C.U.S. per continuità e numero di praticanti: ha sfiorato più volte la serie A ed  attualmente milita in B2 e dispone di un valido settore giovanile.
La sezione basket nata nel 1996 ha trovato la sua caratterizzazione in una città eminentemente cestistica come è Siena promuovendo una attività riservata esclusivamente  agli studenti  universitari: partecipa attualmente al campionato di C1 ed alla Lega Universitaria Basket.
Il Rugby nasce come sezione nel 2000 ed è la prima concreta realtà di questo sport che si concretizza nel territorio senese. Un  nutrito gruppo di praticanti sostenuti da dirigenti e tecnici di spessore è lanciato con l’entusiasmo che  vive attualmente tutto il mondo della palla ovale a livello nazionale: per il momento la prima squadra che è formata prevalentemente da universitari milita in C1.
Il calcio è un’altra disciplina che ha fatto recentemente il suo ingresso al C.U.S. con una squadra composta da studenti universitari che partecipa ai C.N.U. ed ai campionati dilettantistici.

I Presidenti del C.U.S. Siena
Zeffiro Rossetti	1950-1954
Mario Nei (commissario str.)	1954-1955
Fabio Rugani	1955-1956
Olinto Barducci	1956-1957
Mauro Massari	1957-1960
Renzo Corsi	1960-1964
Antonio Pippi	1964-1965
Paolo Naldini	1965-1966
Lodovico Ginotti	1967-1968
Giuseppe Gotti	1968-1969
Paolo Naldini	1970-1988
Duccio Zanchi	1988-2003
Francesco Pulitini	2003-2008
Giuseppe Gotti	2008-in carica